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P2M2 : Plateforme de Profilage Métabolique et de Métabolomique

P2M2

Description

Description de la plateforme

P2M2 répond à des besoins de profilage et de phénotypage métaboliques dans des tissus végétaux. La plateforme réalise des analyses phytochimiques de métabolites natifs endogènes et exogènes dans des plantes saines ou malades, ou de métabolites néoformés lors de procédés réactionnels. Elle conduit des opérations de développement, des collaborations et des prestations en chimie analytique afin d'appréhender, de façon ciblée ou sans a priori, la nature, la quantité et la diversité des composés chimiques présents dans les matrices végétales (démarche de métabolomique).


Pôles de recherche

Environnement

Thématique scientifique principale

Biologie, Santé, Agronomie, Alimentation

Thématique(s) scientifique(s) secondaires

Sciences du système Terre et de l’environnement

Mots clés

Métabolomique végétale, Phénotypage métabolique, Phytochimie, Flux métaboliques, Biomarqueurs d’intérêt agronomique, Agroécologie, Écologie chimique, Qualité, Défenses, Communication, Plantes cultivées, Plantes modèles, Métabolisme primaire, Métabolites spécialisés, Chimie analytique, Extraction, Chromatographie, Spectrométrie de masse, Chimiométrie, Biostatistiques, Bioinformatique


Certification(s)

  • AFNOR ISO 9001

Compétences

Compétences / Expertises

Analyses omiques
Analyse de composition chimique, biochimique et géochimique
Purification et extraction de molécules

Détails des compétences

L’analyse ciblée des composés chimiques des plantes concerne essentiellement les molécules polaires ou semi-polaires comme les sucres, les acides aminés et amines, les acides organiques, les composés phénoliques, les hétérosides, les vitamines, les phytohormones, les alcaloïdes, les acides gras et les composés volatils. Elle fait appel à l'utilisation de techniques extractives, séparatives (chromatographiques) et spectrométriques (spectrométrie de masse). Les approches métabolomiques consistent à réaliser des analyses non ciblées à la recherche de biomarqueurs d'intérêt grâce à des outils chimiométriques. Les démarches analytiques s’appuient sur la mise en œuvre de hauts débits d’analyse, de capacités d'annotation des molécules, de quantification relative ou absolue et ceci, avec des seuils de sensibilité relativement bas. Au-delà de l'acquisition de données, P2M2 dispose de moyens pour leur traitements bioinformatique et statistique, ainsi que leur archivage. La plateforme s'engage dans la formation des usagers et dans la production de ressources pédagogiques en phytochimie et métabolomique


Équipements et ressources

Équipements

Analyses élémentaires, isotopiques
Chromatographie
Spectrométrie de masse et de RMN

Détails des équipements

Préparation et de purification d’extraits végétaux : • Équipements de pesée, de lyophylisation, d’extraction (liquide, SPE, SPME), de centrifugation, d’évaporation et de fractionnement. Chromatographie en phase gazeuse : • 2 GC-FID Agilent avec robots de dérivation et d’injection, • 2 GC-MS quadrupôles Shimadzu et Agilent avec robots de dérivation et d’injection, et thermodésorbeur (SPME), • GC-MS triple quadrupôles Shimadzu avec robot de dérivation et d’injection, et thermodésorbeur (SPME), • GC-MS AccuTOF Jeol. Chromatographie en phase liquide : • HPLC-DAD-Fluo Dionex avec injecteur automatique, • UHPLC-DAD Acquity Waters avec injecteur automatique, • HPLC-IT-MS LCQ Deca + DAD avec injecteur automatique, • UHPLC-DAD-MS Acquity TQD Waters avec injecteur automatique, • UHPLC-MS Acquity Quattro Waters avec injecteur automatique, • UHPLC-Orbitrap Thermo (en cours d’acquisition).


Services

Services

  • Prestations de service
  • Collaboration de R&D
  • Formation
  • Conseil

Offres de services

P2M2 propose des services de chimie analytique et de chimiométrie principalement dédiés à l'exploration du métabolisme et de la composition chimique des plantes naturelles ou cultivées. L'activité consiste à réaliser l'extraction des métabolites, leur résolution chromatographique et leur analyse spectrométrique de manière à les caractériser et les quantifier. L'approche comparative sans apriori permet d'extraire des biomarqueurs de qualité, de stress, d'exposition, de valeur d'usage,...L'analyse isotopique permet de révéler la structure et la dynamique de voies et de réseaux métaboliques.


Modalités d'accès à la plateforme

Pour soumettre un projet ou une demande d’analyse, vous pouvez passer par le portail de l’infrastructure régionale Corsaire (https://www.pf-corsaire.org/), le portail de l’unité d’accueil IGEPP (https://www6.rennes.inrae.fr/igepp/L-IGEPP/Plateformes/P2M2) ou plus directement par le site web de P2M2 (https://www6.inrae.fr/p2m2/). A réception, un échange sera immédiatement instruit pour préciser la demande, mesurer la nature et la dimension des travaux à réaliser, discuter de la tarification et des délais d’exécution. Un devis vous sera alors adressé. Son acceptation et l’émission du bon de commande marqueront la mise en route des travaux d’analyse. Le délai moyen d’exécution est d’environ 45 jours. Un rapport vous sera envoyé en fin de projet, suivi des éléments de facturation.


Public concerné par les services

  • Interne
  • Académiques
  • Entreprises, administrations, associations

Offres de formation

- Formation des utilisateurs d'instruments de la plateforme - Formation en profilage métabolique et métabolomique des stagiaires, étudiants de Master et Doctorants - Formation initiale : projets analytiques pour des étudiants en Master - Participation à des cours magistraux en Licence et Master en Biochimie analytique, Phytochimie et Métabolomique


Réalisations

Projets

- Description, valorisation de la diversité phytochimique et génétique (ex. des Brassicacées) - Recherche de déterminants métaboliques de résistance aux stress biotiques et abiotiques - Détermination de critères métaboliques de qualité des produits du végétal (physiologique, nutritionnelle, organoleptique) - Exploration des relations chimiques plantes/insectes, plantes/nématodes, plantes/microrganismes, plantes/plantes - Analyses isotopiques et mesures des flux métaboliques appliquées à l’analyse des régulations sources/puits et à l’acclimatation aux stress

Ecosystème

Établissement principal

Etablissement universitaire - Université de Rennes


Labellisation

  • IBiSA
  • METABOHUB

Contact
BOUCHEREAU Alain (Responsable scientifique)
Adresse
Centre INRAE Bretagne-Normandie
Domaine de la Motte
LE RHEU
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