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Protim : Protéomes et Images

Protim

Description

Description de la plateforme

La plateforme Protim offre un ensemble de technologies de pointe dédiées à l'analyse des protéomes, depuis l´identification sensu stricto de protéines jusqu'à la prise en charge complète de programmes protéomiques de grande ampleur.

La plateforme consacre sa R&D à deux axes de recherche :
1) Développement de solutions innovantes en imagerie par spectrométrie de masse MALDI pour la toxicologie mécanistique et réglementaire et pour la recherche in situ de biomarqueurs de pathologies .
2) Développement d'approches de protéomique intégrative et de protéogénomique pour l'extraction d'informations biologiques pertinentes à partir de jeux de données de protéomique à grande échelle sur des échantillons complexes.

Plateforme Biogenouest et Biosit


Pôles de recherche

Biologie-Santé

Thématique scientifique principale

Biologie, Santé, Agronomie, Alimentation

Thématique(s) scientifique(s) secondaires

Biologie, Santé, Agronomie, Alimentation

Mots clés

Spectrométrie de masse, imagerie MALDI, protéomique, protéogénomique, protéomique intégrative, protéome, protéines, identification, caractérisation, fractionnement, HPLC, biomarqueurs, quantification, localisation, modifications post-traductionnelles, peptides, petites molécules, toxicologie, peptidomique


Certification(s)

  • AFNOR ISO 9001
  • AFNOR NF X 50-900

Compétences

Compétences / Expertises

Imagerie biologique
Analyses omiques
Ingénierie de protéine

Détails des compétences

Protéomique et Imagerie par spectrométrie de masse MALDI


Équipements et ressources

Équipements

Imagerie
Chromatographie
Spectrométrie de masse et de RMN

Détails des équipements

Equipements significatifs :
TimsTOF Pro (Bruker Daltonics)
FTICR SolariX 7T Paracell combisource ESI/MALDI (Bruker Daltonics)
Nanomate LESA-enabled (Advion)
M5 Sprayer (HTX Imaging)


Services

Services

  • Prestations de service
  • Collaboration de R&D

Offres de services

La plateforme Protim propose son expertise en protéomique et en imagerie par spectrométrie de masse à travers un ensemble de technologies de pointe : analyse protéomique systématique ou différentielle, quantification relative, analyse de modifications post-traductionnelles (phosphorylations), imagerie MALDI de protéines et petites molécules.

Protim développe également :
1) des solutions innovantes en imagerie par spectrométrie de masse MALDI pour la toxicologie mécanistique et réglementaire et pour la recherche in situ de biomarqueurs de pathologies
2) des approches de protéomique intégrative pour l'extraction d'informations biologiques pertinentes à partir de jeux de données complexes
3) des approches de protéogénomique pour la caractérisation d'événements codants.


Modalités d'accès à la plateforme

L'accès à la plate-forme Protim se fait selon 2 principaux modes :
La collaboration scientifique pour des projets utilisant des technologies de pointe nécessitant l'investissement des ingénieurs de Protim
La prestation de service dans le cas d'analyses non valorisables par des publications ou communications scientifiques.
Quel que soit le projet que vous souhaitez soumettre, vous devez suivre les étapes suivantes :

1/ Demande de compte utilisateur sur le site internet de Protim
2/ Téléchargement de la fiche projet depuis votre espace personnel à documenter et à nous renvoyer à l'email de la plate-forme
3/ Réunion avec le personnel de Protim pour exposer dans le détail votre problématique et la ou les questions biologiques posées.
Cette réunion nous permet également de finaliser la stratégie et choisir les techniques nécessaires pour mener à bien votre projet.
C'est aussi l'occasion pour vous de visiter la plate-forme et comprendre les contraintes liées à la réalisation des projets sur notre site.
Nous consacrons en règle générale les mercredis matins aux réunions avec les porteurs de projets (créneau de 10h-12h).


Public concerné par les services

  • Interne
  • Académiques
  • Entreprises, administrations, associations

Offres de formation

Workshops on Imaging Mass Spectrometry (WIMS)


Réalisations

Projets

Projets déjà réalisés :
- Exploration des mécanismes d'acclimatation au froid chez - Drosophila melanogaster par phosphoprotéomique à grande échelle (Colinet et al. Sci Rep 2017)
- Profilage protéomique et nouveaux biomarqueurs de la qualité des ?ufs chez le poisson zèbre (Danio rerio) (Yilmaz et al PLoS One 2017)
- Localisation et quantification absolue in situ du chlordecone dans le foie par imagerie MALDI (Lagarrigue et al. Anal Chem 2014)
- Caractérisation par protéomique quantitative d'altérations fonctionnelles dans les glioblastomes (Com et al. J Proteomics 2012)

Nom de projet lié à Protim :
- Fertichip : Développement d'un test prédictif pour évaluer la présence testiculaire de cellules germinales et leur stade de maturité chez les hommes infertiles

Nom de marque :
- ISAQ : In situ Absolute Quantification

Ecosystème

Établissement principal

Etablissement universitaire - Université de Rennes


Établissement(s) secondaire(s)

  • Institut CNRS - INSERM

Labellisation

  • IBiSA

Contact
PINEAU Charles (Responsable scientifique)
COM Emmanuelle (Responsable technique)
Site internet
Adresse
263 avenue du Général Leclerc - CS2407
Campus de Beaulieu - Bât. 24
RENNES
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2 rue du Thabor
CS 46510
35065 Rennes cedex

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