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EcogenO : Plateforme écogénomique

EcogenO

Description

Description de la plateforme

La plateforme Génomique EcogenO fournit un accompagnement dans des projets de séquençage (NGS), des librairies à l’analyse primaire bio-informatique.

La plateforme réalise également de nombreuses autres prestations liées à la transcriptomique haut-débit (système smartchip Takara), la détection de gènes d'AntiobioRésistance, le contrôle qualité des acides nucléiques (grandes tailles comprises) et les technologies single-cell.

La plateforme propose différentes mises à disposition d'équipement (MAD), cette dernière vous permettant d’accéder directement à nos équipements selon des tarifs adaptés.

Plateforme Biogenouest.


Pôles de recherche

Environnement

Thématique scientifique principale

Biologie, Santé, Agronomie, Alimentation

Thématique(s) scientifique(s) secondaires

Biologie, Santé, Agronomie, Alimentation

Compétences

Compétences / Expertises

Purification et extraction de molécules

Détails des compétences

La Plate-forme Génomique EcogenO vous accompagne dans tous vos projets de séquençage NGS, des librairies à l’analyse primaire bio-informatique. La plate-forme réalise également de nombreuses autres prestations liées à la transcriptomique haut-débit, la détection de gènes d'AntibioRésistance, le contrôle qualité des acides nucléiques (grandes tailles comprises) et les technologies single-cell.


Équipements et ressources

Détails des équipements

SEQUENCAGE
- MiSeq (Illumina)
- DNBseq G400 (MGI)

EXPRESSION
- qPCR haut-débit smartchip (Takara)

CONTROLE QC
- Fragment Analyser (Agilent)
- BioAnalyser (Agilent)
- CHEF DR-II (Biorad)

CLUSTER DE CALCUL
- 4 noeuds Dell-48 coeurs
- 20 To de stockage


Non renseigné

Services

Services

  • Prestations de service

Offres de services

CONDUITE DE PROJET EN GENOMIQUE
- Séquençage de génome et metagénome de novo
- Séquençage d'amplicons
- qPCR Haut-Débit
- Développements technologiques...

ACCES A UN PARC D'EQUIPEMENT DE GENOMIQUE
- MiSeq, Fragment Analyser, Bioanalyzer, Robotiques...


Réalisations

Projets

ARGo: détection de gènes d'antibiorésistances via qPCR très haut-débit dans divers milieux (boues, eaux usées, etc.)

Séquençage d'amplicon: Etudes du microbiote du sol à partir d'amplicons 16S/18S/AMF etc.

Ecosystème

Établissement principal

Etablissement universitaire - Université de Rennes


Établissement(s) secondaire(s)

  • Institut CNRS - CNRS

Labellisation

  • IBiSA
  • ANAEE FR

Contact
VANDENKOORNHUYSE Philippe (Responsable scientifique)
Adresse
263 avenue du Général Leclerc
Campus de Beaulieu - Bât. 14A
RENNES
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2 rue du Thabor
CS 46510
35065 Rennes cedex

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